특수관계인 기업부설연구소 세액공제 – 제가 기업부설연구소 설립과 유지관리 서비스를 제공하는 실무자로 활동하면서 관련 법령의 내용과 실제 현장에서 적용하는 내용이 서로 다른 몇가지가 있었습니다.
오늘은 그 중에서 제가 단서와 근거를 찾아 내고 성일세무회계 대표 세무사님이 최종 검증해주심으로써 법령과 현장 실무를 일치 시킨 항목에 대해 설명드리고자 합니다.
그것은 바로 “기업 대표(이사)의 특수관계인도 연구인력개발비 세액공제 대상이다” 입니다.
기업 대표 또는 최대주주의 특수관계인에게는 기본적으로 어떤 세금 혜택도 주어지지 않을 것이라는 세무업계의 고정 관념을 깬 것이기에 정확한 법률적 근거에 기반해야 하므로 아래 설명을 자세히 일독하여 주시기 바랍니다.
1. 연구인력개발비 인건비 공제 대상 범위에 대한 해석
<조세특례제한법시행규칙> 제7조(연구 및 인력개발비의 범위)
③영 별표 6의 제1호가목1)에서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」 제2조제7호에 따른 연구전담요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 「산업디자인진흥법 시행규칙」 제9조제1항제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 같은 법 시행령 제2호제8호에 따른 연구보조원과 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다. <개정2021. 3. 16.>
- 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자
- 당해 법인의 주주로서「법인세법 시행령」제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주
- 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와「소득세법 시행령」제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제2조제5항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」 제2조제5항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.
위 시행규칙 내용을 해석해 보면 세액공제 대상 여부를 판단하는 방법을 아래와 같이 정리해 볼 수 있습니다.
1단계 : 주주이면서 동시에 임원인가?
2단계 : 주주이면서 동시에 임원이라면, 보유 주식이 10%를 초과하였는가?
3단계 : 임원이면서 보유 주식이 10% 이하이지만, 지배주주 또는 10% 초과 보유한 주주와 특수관계인인가?
상기 검증 방법을 단계별로 살펴보면, 연구인력개발비 세액공제를 받을 수 없는 경우는 연구원이 주주이면서 임원이고 보유 주식이 10%를 초과하거나 10% 초과 보유 주주의 특수관계인이어야 합니다.
달리 말하면 기업 대표의 특수관계인이더라도 주식을 보유하고 있지 않거나 임원이 아니면 기업부설연구소 세액공제를 받을 수 있는 것입니다.
2. 실제 국세청 예규를 통한 검증
상기 해석을 관련된 실제 예규 [서면법인2020-1132(2020.07.01)] 를 통해서 확인해 볼 수 있습니다.
[제목] 연구·인력개발비 세액공제 상 주주인 임원 등인 연구소장의 인건비 공제 가능 여부
[요약] 법인의 총발행주식 10%와 임원(사내이사)직을 모두 제공하였을 때 특수관계 없는 자를 연구소장으로 채용할 시 공제 제외 대상이 아니나, 법인대표와 특수관계인 자를 연구소장으로 채용하는 경우에는 연구인력개발비 세액공제 대상에서 배제되는 것입니다.
[질의]
(사실관계)
○㈜OOOOO(이하 “질의법인”이라 함)은 소프트웨어개발을 주업으로 하는 법인으로20XX년 연구개발을 기반으로 한 제조업 법인(이하 “설립예정 법인”이라 함)을 설립할 준비 중임
○설립예정 법인은 연구소를 운영할 계획이 있으며 연구소의 소장으로 법인대표의 동생이나 동생의 아내, 혹은 연구개발전문가를 채용 검토하고 있음
(질의내용)
○ 법인의 설립연구소에 연구소장을 채용함에 있어
-(질의1)특수관계 없는 개인을 채용하며 10%의 주식과 임원직을 함께 제공하는 경우와 둘 중 하나만 제공하는 경우 연구소장의 인건비가 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는지 여부
-(질의2)특수관계인인 법인대표의 동생을 채용하며 10%의 주식과 임원직을 함께 제공하는 경우와 사내이사직만을 제공하는 경우 각각 해당 인건비가 연구·인력개발비 세액공제 대상이 되는지 여부
-(질의3) 질의2의 답변이 법인대표의 동생의 아내(제수)를 연구소장으로 고용할 때에도 동일하게 적용되는지 여부
[회신]
특수관계 없는 자를 연구소장으로 채용하면서 법인의 총발행주식의 10%와 임원(사내이사)직 중 어느 하나 또는 둘 모두를 제공하는 경우, 이는 연구인력개발비 세액공제가 가능하나 특수관계 있는 법인대표의 동생을 연구소장으로 채용하면서 법인의 총발행주식 10%와 임원직을 모두 제공할 시에는 주주인 임원으로서 지배주주등과 특수관계에 있는 자에 해당하여 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외됩니다.
또한 법인대표의 동생의 아내도 4촌 이내의 인척으로 특수관계인에 해당하여 법인대표의 동생에 대한 규정이 동일하게 적용됩니다.
다만, 연구·인력개발비세액공제의 공제가능여부는 주식의 보유 여부 및 임원 여부만으로 판단할 수는 없는 것으로, 귀 질의의 경우가 공제 대상에 해당하는지는 전담연구원 여부, 연구소 및 전담부서 등록여부 등을 감안하여 실질내용에 따라 사실판단 할 사항입니다.
[예규 내용 정리]
질의1) 연구소장
- 임원이고 10% 주식 제공시에는 세액공제 가능함 (10% 초과여야 공제 불가)
질의2) 대표자의 동생
- 임원이고 10% 주식 제공시에는 세액공제 불가능함 (대표자의 특수관계인)
- 임원이고 주식은 없을 경우에는 세액공제 가능함 (임원이지만 주주가 아님)
- 임원이 아니고, 10% 주식 제공시에는 세액공제 가능함 (주주이지만 임원이 아님)
- 임원도 아니고 주식도 없을 경우에는 세액공제 가능함 (주주도 임원도 아님)
질의3) 대표자의 동생의 배우자
- 대표자의 동생과 세액공제 가능 여부 동일하게 판단함 (동생의 배우자도 특수관계인)
[결론]
– 지배주주 또는 10% 초과 보유 주주의 특수관계자가 주주이면서 임원인 경우만 기업부설연구소 세액공제를 받을 수 없음.
– 동일한 근거를 이유로 개인사업자의 특수관계인은 주주가 될 수 없으므로 기업부설연구소 세액공제를 받을 수 있음
※ 유사사례
○ 서면법인 2017-2178, 2017.11.29
조세특례제한법 제10조의 연구·인력개발비에 대한 세액공제 적용 시 같은 법 시행규칙 제7조 제3항 제3호에 따라 해당 법인의 임원이 아닌 총발행주식의 10%를 초과하여 소유한 자와 특수관계인 주주인 임원은 전담부서에 근무하는 직원에서 제외하는 것입니다.
○ 서면법규 -1035, 2014.09.29
일반연구·인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어 전담부서 등 연구요원으로서 회사 지분 10%를 초과 소유하는 주주임원의 인건비는 일반연구·인력개발비에 해당하지 아니하는 것임
○ 서면법령해석소득 2016-2869, 2016.02.26
개인사업자의 특수관계자인 연구요원은 「조세특례제한법」 제10조에 따른 연구인력개발비 세액공제 대상 직원에 범위에 해당하는 것임
특수관계인 기업부설연구소 세액공제 가능한 범위가 넓어졌습니다.
대표(이사)의 가족에게도 연구인력개발비 세액공제가 가능해지는 범위가 매우 넓어짐에 따라 재원이 부족한 중소기업 입장에서 절세의 지름길이자 기업여신의 히든카드인 기업부설연구소 연구개발전담부서를 더 적극적으로 활용할 수 있기를 기대합니다.
누구보다 많은 현장 실무 경험과 제도에 대한 깊이있는 연구를 바탕으로 기업부설연구소 설립과 운용 및 활용하기 위한 상담은 시선파트너즈가 가장 잘 한다고 자부합니다.
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