기업부설연구소 세액공제 환수 당하는 6가지 이유

기업부설연구소 세액공제 환수 당하는 6가지 이유 – 중소기업이 기업부설연구소를 설립하여 운영하는 목적은 다양합니다. 그 중에서 세금을 줄이는 절세 혜택을 받기 위해 보유하는 기업이 거의 대부분이라고 생각됩니다. 

따라서, 최근 국세청에서는 연구인력개발비 세액공제 에 대한 사전 심사 또는 사후 검증 등을 강화하고 있음을 감안한다면, 관련 법률과 제도의 개정 내용과 몇 가지 중요한 이슈를 놓치지 않도록 유의해야 합니다.

법인세 신고에만 해당되는 것이 아니라. 곧 이어지는 개인사업자 종합소득세 신고에서도 문제가 될 것 같아 기업부설연구소 연구개발전담부서를 보유한 기업이 잘 못된 정보를 알고 있거나, 여차하면 쉽게 오해할 수 있을만한 R&D 세액공제 관련 주요 내용과 사후 검증을 대비하기 위한 몇 가지 가이드를 정리했습니다.

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1. 기업부설연구소 세액공제 환수 당하는 6가지 이유

1) 연구요원의 겸직

현실적으로 연구인력개발비 세액공제를 부인당하는 가장 흔한 경우는 연구원이 다른 업무를 병행하는 겸직입니다. 특별히 유의하여야 할 사항은 연구원이 국책사업이나 각종 정부지원사업, 전문자격등록, 타 협력 기관이나 프로젝트에 핵심 요원으로 등록, 각종 입찰서류나 계약서에 기재되는 경우는 겸직을 부인할 수 있는 명백한 물증이 되기 때문에 해당 연구원 세액공제 를 받을 수 없습니다.

2) 대표이사가 연구원인 경우

원칙은 대표이사는 연구전담요원이 될 수 없습니다. 다만, 창업 3년 미만인 소기업의 경우 ( 중기업은 해당 안됨) 는 창업 초기 인력이 부족할 수 있음을 감안하여 기업 대표의 연구전담요원 겸직을 한시적으로 허용하고 있습니다. 그렇지만 대표이사의 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상이 아닙니다.

3) 연구원이 임원이고 대표이사의 특수관계인 또는 지분을 10% 초과 보유한 경우

연구전담요원이 회사의 지분을 10% 넘게 보유한 주주이거나 기업대표의 특수관계인 친족인 경우, 해당 연구원의 인건비는 세액공제 대상이 되지 않습니다. 예외적으로 개인사업자는 연구원이 특수관계인 친족이더라도 세액공제 혜택 을 받을 수 있습니다.

4) 퇴직금, 퇴직연금, 퇴직급여충당금, 중간정산 퇴직금, 잡경비, 산재보험료

연구원의 인건비 중에서 퇴직소득, 퇴직급여충당금, 퇴직연금의 부담금은 연구인력개발비 세액공제 대상이 아니며, 연구요원 의 복리후생비, 출장비, 여비교통비, 회의비, 산재보험료 등은 R&D 세액공제를 적용 받을 수 없습니다.

5) 정부, 지방자치단체, 관공서의 출연금이나 지원금으로 사용한 연구개발비

기업부설연구소 제도를 시행하고 혜택을 주는 취지는 새로운 기술 개발을 통해 창출되는 부가가치에 대해 인정함으로써, 해당 기업이 자체적으로 투입한 시설투자와 인력을 대상으로 세금 혜택을 제공하는 것입니다. 따라서, 기업의 자체 재원이 아닌 비용은 세액공제 대상이 아닙니다.

같은 의미로 기업이 자체적으로 연구를 수행하지 않더라도 국가 기관이나 외부의 연구기관에 위탁하거나 외주를 시행한 연구개발에 대한 비용 지출에 대해서는 세액공제 적용이 가능한 것입니다.

6) 연구활동 증빙 미비

국세청 기준 조세특례제한법에서 규정한 연구활동 증빙용 양식 준수 및 보관 여부, 수행한 연구과제가 법령에서 정의한 연구개발활동 기준에 부합하는지 여부 및 연구성과에 대한 증빙을 갖추고 있어야 세액공제 혜택을 적용 받을 수 있습니다. ※ 연구과제총괄표, 연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구노트 외 연구성과 증빙을 위한 특허출원내용 등

기업부설연구소 세액공제 환수

2. 연구인력개발비 세무 조사 대응 위한 증빙 서류

1) 기업부설연구소 연구개발전담부서 등록 관련 서류

기업부설연구소 인정서, 신고서식, 회사 조직도, 인사발령문 등

2) 연구전담요원 자격 증빙 서류

졸업증명서, 경력증명서, 이력서, 보유 자격증 등)

3) 연구활동을 입증하는 서류

연구일지, 보고서, 연구성과물, 특허출원자료, 연구원의 타임시트 등

3. 어떻게 대비하여야 하는가?

기업부설연구소 연구전담부서에 대한 여러가지 혜택 부여는 중소기업을 위한 지원 정책입니다. 그렇지만, 혜택에 방점을 두고 중소기업이 적극적으로 활용할 수 있도록 독려하는 차원에서 사후 검증이나 페널티가 강조되지 않음으로써 악용되어온 기간이 있었던 것도 사실입니다.

이러한 상황을 규제하기 위해서 2020년도부터 관련 법규와 제도를 만들게 되었습니다. 앞으로도 사전심사 제도 및 사후검증 제도와 실행의 강도는 점점 커질 것입니다.

이렇듯 세제혜택을 쉽게 얻는 수단으로서 이해하고, 형식적이고 일시적으로 기업부설연구소 연구전담부서를 활용하는 기업은 반대급부를 깊이있게 고려해야 합니다.

기존 방식대로 잘못된 기업부설연구소 활용을 계속하거나 강화된 규제에 대한 대비가 미흡한 기업은 연구소를 운영하는 효과는 줄어들고, 혜택을 본 것 이상으로 세금은 추징 환수될 것입니다.

따라서, 기업부설연구소을 운영하는 중소기업은 지속적이고 실질적인 관리 업무 수행과 모든 증빙서류는 세무서류라는 인식과 사고의 전환이 필요합니다.

기업부설연구소 세액공제 환수 당하는 6가지 이유

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